El objetivo del Programa es el de impulsar actividades de investigación, formación y servicio que sirvan para promover, fortalecer y/o consolidar iniciativas colectivas locales y regionales orientadas a sensibilizar, dimensionar y enfrentar los problemas, las prioridades y necesidades definidas por los actores sociales. El Programa se entiende como una comunidad de aprendizaje, a través de la cual desarrollar una conciencia colectiva entre los participantes de diferentes grupos de interés involucrados (habitantes locales, miembros de ONGs, estudiantes, profesores), a través del diálogo, la colaboración y la retroalimentación, con objeto de reconocer las posibilidades de acción frente a problemas comunes, de colaborar en la generación de alternativas y de apropiarse de las metodologías para adecuarlas y utilizarlas con los diferentes grupos con los que se trabaja, desde la comunidad hasta la Universidad. El Programa de Investigación sólo ha sido posible y se ha mantenido a lo largo de los años por el interés y colaboración que académicos y estudiantes de diferente nivel han establecido de una diversidad de interlocutores que actúan desde organizaciones sociales u organismos civiles, instituciones de gobierno, y de otras instituciones académicas.
Los interlocutores privilegiados del Programa lo constituyen los grupos sociales de los municipios con menor índice de Desarrollo Humano y que están dispuestos a tomar diferentes iniciativas para cambiar su situación. La mayor parte de las actividades se han llevado a cabo en colaboración con población indígena; Tzotzil, Tzeltal, Zoque en Chiapas, Nahua, Amusgo y Mixteca en Guerrero. Se privilegia el trabajo con población organizada en diferentes formas, desde el nivel de comunidad, o a través de Cooperativas, Asociaciones Civiles, organizaciones sociales y con interés por generar nuevas iniciativas para enfrentar sus problemas. Un número importante de las actividades del Programa de Investigación se llevan a cabo en colaboración con Promotores Comunitarios que realizan acciones en áreas consideradas prioritarias; salud, agroecología y producción sustentable, derechos humanos, equidad de género, comercio justo.
En los últimos años se ha realizado un trabajo de investigación acción en colaboración con Fondos Regionales Indígenas ubicados en las regiones más pobres y aisladas de los estados de Baja California, Guerrero, Chiapas, Morelos, Nayarit, Oaxaca, Puebla, Querétaro y San Luís Potosí
En lo que se refiere a las relaciones académicas, a partir del trabajo del Programa, se han identificado áreas de interés común con diversas instituciones de investigación y formación nacionales e internacionales, con las cuales se han establecido convenios de colaboración. Destacan los trabajos que a lo largo de los años hemos realizado en colaboración con la Universidad Autónoma de Chiapas, el Instituto de Investigaciones Sociales de la Universidad Nacional Autónoma de México y el Instituto de Estudios del Desarrollo en la Universidad de Sussex, Inglaterra a través del Centro de Investigación para el Desarrollo, sobre Ciudadanía, Participación y Transparencia, actualmente en colaboración con ésta institución se colabora en el proyecto Participa, en que participan organizaciones sociales, civiles y académicas trabajando en alrededor de cuarenta países sobre cómo se puede la participación de los sectores más pobres del planeta en el debate internacional sobre el incumplimiento de las Metas del Milenio y sobre la definición del que hacer después del 2015 para enfrentar la pobreza en el mundo.
Se ha colaborado asimismo con diferentes instancias de gobierno a través de convenios. Entre éstas, destacan: Las Secretarías de Desarrollo Social, de Educación, El Instituto de Salud, La Secretaría de Desarrollo Rural del gobierno del estado de Chiapas.
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