El Programa de Investigación fue aprobado por el Colegio Académico de la UAM en el año 1996 e inicio sus actividades en 1997, con el objetivo de ampliar y profundizar los trabajos que nuestra Institución había venido realizando en el estado de Chiapas desde la década de los ochenta. A través del PIIDH, se ha buscado avanzar en el establecimiento de nuevas formas de relación de la Universidad con la Sociedad a través de sus actividades sustantivas; la investigación, la formación y la extensión.
En el Programa han participado profesores - investigadores de diferentes especialidades, con diversas adscripciones a través de proyectos de investigación de diferente origen y duración así como estudiantes de diferentes especialidades y niveles. Todos los profesores que participan en el Programa son de tiempo completo por lo que las actividades de investigación son parte de sus funciones.
A través del Programa se ha llevado a cabo investigación, vinculada a la formación en los programas universitarios a nivel de licenciatura y postgrado, pero también actividades de formación dirigidas a otros sectores a través de diplomados, cursos o talleres con fines específicos.
El número de profesores y estudiantes involucrados en el programa ha variado a lo largo de los años, dependiendo de diversos factores, desde el interés por ciertos temas, la coyuntura política, hasta a disponibilidad de recursos económicos. Así, en los años posteriores al levantamiento zapatista la participación fue amplia (cerca de 20 profesores, mas de cien alumnos de licenciatura y posgrado) la cuál disminuyó en los años posteriores hasta mantenerse un grupo básico de profesores y otros que colaboran en actividades específicas (un mínimo de 5 profesores y alrededor de 20 estudiantes) a la vez que han mantenido la continuidad del trabajo. La participación se incrementa en algunos periodos. Es importante el hecho de que algunos estudiantes que participaron en actividades del PIIDH, se han incorporado al trabajo en organizaciones sociales, ONGs, y han continuado colaborando con el Programa, sirviendo como apoyo a los nuevos estudiantes y constituyendo una red de colaboración para nuevas iniciativas y actividades.
Lo anterior es sumamente importante ya que a través del PIIDH, se busca la vinculación de las actividades universitarias de investigación, formación y servicio con las prioridades sociales expresadas por grupos sociales, ONGs e instituciones de gobierno. Esto implica que las actividades se desarrollan en ámbitos diversos: las tierras de cultivo, el laboratorio, las reservas ecológicas, etc. y a través de diferentes formas de colaboración, de interacción y de estancia con grupos de interés, comunidades, organizaciones. El disponer de relaciones y apoyos en diferentes regiones facilita la realización de las actividades.
Los resultados del trabajo son de diferente tipo, incluyendo publicaciones, memorias, reportes de servicio social, prototipos de equipos, videos. Entre 1994 y la actualidad se han realizado múltiples publicaciones por parte de los profesores participantes algunas de las cuáles se hace referencia más adelante. Asimismo se han realizado 17 tesis de maestría en desarrollo rural y dos de doctorado en ciencias sociales, sobre temas diversos relacionados con el Programa, referidas a las acciones que la población indígena, principalmente Tzeltal, lleva a cabo para encontrar alternativas frente a los problemas de salud, educación medio ambiente, equidad de género. Otras tesis de maestría y doctorado se encuentran en curso. Asimismo algunos estudiantes e investigadores extranjeros han realizado estancias y visitas para conocer directamente la experiencia de trabajo y las iniciativas sociales con las cuáles se colabora a través del Programa.