El Programa se concibe como un espacio universitario orientado a facilitar la generación y aplicación del conocimiento colectivo para hacer frente a problemas complejos, mediante la colaboración con actores sociales que tienen interés de usar los resultados del trabajo en la gestación de alternativas y en la promoción de iniciativas. El trabajo se ha llevado a cabo en regiones al sur de México. En éstas regiones se sintetizan algunos de los problemas más complejos que enfrenta nuestra sociedad en la búsqueda del desarrollo humano sustentable, con expresiones en ámbitos tan diversos como el ecológico, el sociodemográfico, el económico, el político, el cultural, problemas entre los que destacan: la creciente polarización social y la pobreza; la exclusión política y la falta de democracia a que se enfrentan amplios sectores de la población; la perdida acelerada de recursos naturales de importancia mundial; la existencia de una diversidad de conflictos y formas de violencia que afectan principalmente a los sectores más desprotegidos.
La propuesta de trabajar en regiones seleccionadas del estado de Chiapas desde los orígenes del Programa y de otros estados como Guerrero posteriormente, responde al hecho de que son los estados con los indicadores más bajos de desarrollo humano a nivel nacional lo que significa que la mayoría de su población, particularmente la indígena, que representa un porcentaje significativo del total, vive en condiciones críticas en términos de condiciones de salud, educación, además de que enfrenta diversas formas de exclusión social y de violación de sus derechos humanos. La problemática que se vive en esas regiones, tiene en la dimensión productiva una de sus expresiones más severas, lo que se expresa en bajos niveles de producción y en la crítica situación alimentaria, que se ve agravada por el deterioro acelerado de recursos naturales como suelos, bosques y aguas.
Las políticas gubernamentales en materia agraria, ambiental, productiva, económica, social y política, seguidas en los últimos lustros se han caracterizado por su ineficiencia para resolver los problemas mencionados, por el uso selectivo de los recursos públicos para mantener el control sobre la población y para beneficiar directamente a ciertos grupos. Estas condiciones se mantienen y reproducen con el apoyo de un estructura de poder que se resiste ante los intentos de cambio promovidos desde la sociedad.
Frente a estas condiciones, en los últimos lustros se ha dado una creciente demanda social de cambios en todos los niveles. La exigencia se ha dado de múltiples formas, desde la que se presentan a nivel local hasta las que significan cambios fundamentales en las formas de relación en la sociedad mexicana, desde las que se orientan a desarrollar redes sociales para enfrentar los problemas hasta las que buscan cambios en el marco legal. Uno de los movimientos más importantes por su significado y sus implicaciones ha sido sin duda el protagonizado por el levantamiento zapatista, no solo por su método sino porque se ha convertido en un importante catalizador de muchas de las demandas sociales de importantes sectores de la sociedad nacional, especialmente de los pueblos indios. Asimismo es creciente el papel asumido desde diversos sectores de la sociedad en la búsqueda de alternativas para enfrentar los problemas mencionados como vía avanzar hacia una sociedad más justa, democrática y solidaria. Así, un aspecto fundamental para el desarrollo del PIIDH ha sido el hecho de que en las regiones de trabajo existen procesos organizativos de diverso tipo, desde los cuales se gestan iniciativas para enfrentar una diversidad de problemas.
La realización de una investigación orientada como la que se propone realizar en el Programa, plantea una serie de problemas de índole general, entre los que están:
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